Y染色体就好像男性的符号一样，但研究人员越来越清楚地发现，Y染色体或许并不像想象中那么持久且强大，尽管它体携带者主要的开关基因SRY，仅能够帮助确定胚胎的性别（XX或XY），并且只还含有很少量的其它基因，也是唯一对机体生命不必要的染色体。毕竟女性在没有Y染色体的情况下依然过地很好。
另外，Y染色体会迅速退化，女性携带者两个完全正常的X染色体，而男性则携带者一个X染色体和一个看起来皱缩干瘪的Y染色体，如果两个染色体以同样的速率退化，那么在Y染色体完全消失之前，只有460万年的寿命了——听起来似乎时间很长，但要知道地球上的生命已经存在35亿年了。
Y染色体并不一直都是这样子，最早期的Y染色体原型的尺寸和X染色体一样，而且同X染色体一样含有所有相同的基因；然而Y染色体有着根本性的缺陷——并不像其它染色体一样（在每个细胞中都有两个拷贝），Y染色体仅能作为单一的拷贝，从父亲遗传给儿子。
这也就意味着，Y染色体上的基因并不能够进行遗传重组，而在每一代中所发生的基因漂移重组或许能帮助消除损伤性的基因突变。遗传重组会给机体带来一定益处，而Y染色体的基因则只会随着时间不断退化，最终将会从基因组中消失。尽管如此，最近有研究表明，Y染色体能够进化出一些令人信服的机制从而减缓退化，这就能够降低基因丢失的速度。
关于Y染色体是否会消失的问题上，科学界（比如英国）目前分为“激进派”和“保留态度一派”，后者认为Y染色体的防御机制做得很好，而且这种机制能够挽救Y染色体，但前者则认为，Y染色体所做的所有事情都只是能让其更好地附着存在，如今两组持不同观点的科学家们仍然在继续讨论着。
男性的灭亡？即使人类的Y染色体消失了，但这并不意味着男性会消失不在，甚至在一些完全丢失Y染色体的物种中，雄性和雌性仍然都会繁衍后代。在这些案例中，决定雄性性别的SRY主要开关基因就会转移到不同的染色体上，也就意味着，这些物种在不需要Y染色体的情况下也会繁衍出雄性后代。
然而，SRY所“定居”的新型性别决定染色体或许也会因为缺乏相同重组机制而开始新一轮的退化过程；然而对于人类而言更有意思的是，当Y染色体成为正常人类繁殖过程所必需的元件时，如果利用辅助生殖技术的话，比方说美国第三代试管技术+代孕方式，Y染色体所携带的其它很多基因或许就不再需要了。
这意味着，基因工程技术或能替代Y染色体的基因功能，允许同性女性伴侣或不育男子怀孕。即使每个人都能以这种方式怀孕，人类似乎不太可能会停止自然繁殖的优势。
关于Y染色体是否会消失的问题，尽管目前在遗传研究领域科学家们进行了激烈地讨论，但科学家们并不需要担心，研究人员并不清楚是否Y染色体会消失，而且，即便Y染色体消失了，人类很可能还会继续需要男性来进行正常的人类的后代繁衍。
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